総合学力調査で子どもの受検番号がふたつありますが、どちらを利用したらいいですか？

いずれか片方での受検番号しか登録できません。
例えば、同じ学期に自治体と学校の両方で別々に受検し、受検番号が異なる場合は、どちらかの受検番号しか登録できないため、振り返りたい受検回の受検番号を登録してください。

受検番号の登録方法については下記記事をご参照ください。

【参考記事：総合学力調査の受検番号の登録方法を教えてください】