まなびポケットと名簿連携していますが、1年生のクラスはミライシードでも設定が必要ですか？

ミライシード上での登録は不要です。
まなびポケットで１年生のクラスを登録をし、ミライシードに情報連携していただくとミライシード側にクラスが反映されます。

【参照記事：まなびポケットの手動連携と自動連携の違いは何ですか？】