子どもカルテの「目標設定」や「ふりかえり」は所属クラスと授業クラスの両方で設定できますか？

どちらか一方のクラスで設定できます。
設定した内容は、所属クラス・授業クラスの両方に同期されて表示されます。

クラスごとに別々の目標やふりかえりを設定することはできません。